(1) 好氧生物處理：制藥廢水多為高濃度有機廢水，在好氧生物處理過程中需要稀釋原液，能耗高，廢水可生化性差，生化處理后的廢水難以直接排放至標準。因此，單獨使用好氧處理的不多，一般需要進行預處理。 

(2) 深井曝氣法：深井曝氣是一種高速活性污泥系統，具有氧利用率高、占地面積小、處理效果好、投資少、運行成本低、無污泥膨脹、污泥產量低等優點。另外，設備保溫效果好，處理不受氣候條件影響，保證了北方地區冬季廢水處理的效果。

(3) AB法：AB法屬于超高負荷活性污泥法。AB法對BOD5、COD、SS、磷和氨氮的去除率普遍高于常規活性污泥法。其突出優點是A段負荷高，抗沖擊負荷能力強，對pH值和有毒物質緩沖作用大，特別適用于高濃度、水質水量變化大的污水處理。

(4) 生物接觸氧化法：該工藝綜合了活性污泥法和生物膜法的優點，具有容積負荷大、污泥產量低、抗沖擊能力強、工藝運行穩定、管理方便等優點。許多項目采用兩階段法，目的在于馴化不同階段的優勢菌種，充分發揮不同微生物種群之間的協同作用，提高生化效果和抗沖擊能力。在工程上，通常采用厭氧消化和酸化作為預處理工藝，采用接觸氧化法處理制藥廢水。隨著技術的逐漸成熟，應用領域也越來越廣泛。

(5) SBR法：SBR法具有抗沖擊負荷能力強、污泥活性高、結構簡單、無需回流、操作靈活、占地少、投資少、運行穩定、基質去除率高、脫氮除磷效果好等優點，適用于水量、水質波動較大的廢水處理。近年來，該工藝日趨完善，在制藥廢水處理中也得到了廣泛的應用。出水水質達到GB8978-1996一級標準。